Основной труд Василия Зеньковского — «История русской философии», основой которого стали его лекции в Свято-Сергиевском богословском институте; эта работа посвящена русской мысли XVIII—XX веков. Считал, что русская философия является уникальным национальным опытом создания христианской философии. Обращал внимание на непрерывность русской философской традиции, сохраняющей, несмотря на несхожесть форм, своеобразное единство на всех этапах её развития. Значительное внимание уделял теме влияния западной мысли на русскую философию. Полагал, что, приобщаясь к философской культуре Запада, русские люди как бы сокращали для себя путь собственного восхождения на высоты философской мысли и быстро входили в сложную философскую проблематику своего времени. В этом отношении достойно удивления то, с какой быстротой оказывались на высоте современности, например, русские учёные (Ломоносов в середине XVIII в., Лобачевский в первой трети XIX в. и многие другие). В то же время, по мнению Зеньковского, в философии собственное творчество было всё же очень стеснено в России именно тем, что находили русские люди на Западе. Целые поколения попадали в плен Западу, в страстное и горячее следование его созданиям и исканиям; Россия вообще отвечала живым эхо на то, что совершалось на Западе. Мощь же её собственного гения впервые проявилась в сфере литературы: после нескольких десятилетий подражания Западу, через эпоху Державина, а потом Жуковского, приходит Пушкин, в котором русское творчество стало на собственный путь — не чуждаясь Запада, даже откликаясь на его жизнь, но уже связав себя в свободе и вдохновении с самыми глубинами русского духа, с русской «стихией». За литературой последовали другие формы искусства (театр, живопись, позднее музыка), но скоро и философия в России уже нашла свои пути — тоже не чуждаясь Запада, даже учась у него постоянно и прилежно, но все же живя своими вдохновениями, своими проблемами. XIX век окрылил философское дарование у русских людей. Россия вышла на путь самостоятельной философской мысли.

    Труды
Психология детства. Лейпциг, 1924.
Русские мыслители и Европа. Париж, 1926
Дар свободы. Париж, 1928.
О чуде. Париж, 1928.
Проблемы воспитания в свете христианской антропологии. Париж, 1934.
История русской философии. Париж, 1948—1950; Париж, 1989; М., 2001
Наша эпоха. Париж, 1955.
На пороге зрелости. Париж, 1955.
Апологетика. Париж, 1957.
Русская педагогика в XX веке. Париж:, 1960.
Н. В. Гоголь. Париж, 1961.
Основы христианской философии. Франкфурт, 1961—1964. Т. 1—2.
Принципы православной антропологии. Штутгарт, 1953 (на немецком языке)