Безусловно самое знаменитое сочинение Аллегри — Miserere (Miserere mei, Deus) на текст Псалма н. 50. Произведение написано для 2 хоровых составов из пяти и четырёх голосов. Один из хоров поет в средневековом стиле пения Фобордон (от фр. Fauxbourdon) основанном на григорианском хорале. Второй хор поет схожий Фобордон с существующими ранее разработками и использованием каденций. Miserere исполнялся ежегодно в течение многих лет во время Страстной недели в Сикстинской Капелле. Частое употребление доминирующего септаккорда и его акцент на многохоровых методах делает Miserere новаторским произведением, которое выходит за рамки общепринятой музыкальной практики того времени («prima pratica»).

Miserere — один из самых поздних музыкальных шедевров эпохи Возрождения, фактически, оно было написано приблизительно на стыке ренессанса и начала Барокко.

Долгое время партитура сочинения была «засекречена» и недоступна для широкой публики, так как Ватикан, хранитель единственной копии рукописи, желал сохранить секрет шедевра в тайне, и запретил копирование Miserere под угрозой отлучения от Церкви. К партитуре имели доступ только музыканты, исполнявшие его один раз в год в Сикстинской Капелле. Дарованием сочинения широкой публике мир обязан гению юного Моцарта посетившего с отцом Ватикан в 1770 году. 14-летний Моцарт, услышавший исполнение Miserere, запомнил его целиком на слух и в точности записал по памяти, таким образом создав первую «контрабандную» копию.

В 1771 копия Моцарта была издана в Англии известным путешественником и историком музыки доктором Берни.

Оригинальная, ватиканская рукопись была издана значительно позже в Лейпциге издательством Breitkopf and Hartel. Между изданием Моцарта и оригиналом существуют лишь незначительные расхождения.