Главный труд Василия Зеньковского — «История русской философии», основой которого стали его лекции в Свято-Сергиевском богословском институте; эта работа посвящена русской мысли XVIII—XX веков. На сегодняшний день это - наиболее авторитетный, систематический и разносторонний труд в ряду исследований русской философии. Философское учение Зеньковского включало метафизику, гносеологию и антропологию, причём он всегда стремился следовать христианской традиции понимания мира и человека. Считал, что христианская философия должна иметь особую тему, отличающую её от догматики: Догматика есть философия веры, а христианская философия есть философия, вытекающая из веры. Познание мира и человека, систематическая сводка основных принципов бытия не даны в нашей вере, они должны быть построяемы в свободном творческом нашем труде, но в свете Христовом.