Давняя легенда соединяет имя Сальери с именем Моцарта, называя Сальери его предполагаемым убийцей; имя Сальери во многом стало нарицательным для обозначения зависти неталантливого человека к талантливому. Эта репутация Сальери в значительной степени основана на его образе в художественных произведениях: драме Пушкина «Моцарт и Сальери» (1831), поставленной по ней опере Римского-Корсакова (1898), пьесе Питера Шеффера «Амадей» (1979) и основанному на ней одноимённому фильму Милоша Формана (1984).
Взаимоотношения Моцарта и Сальери были неровными, и известно несколько резких высказываний о Сальери, принадлежащих самому Моцарту и его отцу. Однако высказывания эти, по большей части, относятся к началу 1780-х гг. и не отличаются от обычных отзывов темпераментного Моцарта о музыкантах-конкурентах. В то же время в последнем письме Моцарта жене (14 октября 1791 г.) Моцарт уделяет большое внимание посещению Сальери представления моцартовской «Волшебной флейты», описывая восторженную реакцию Сальери как нечто весьма важное для себя. Известно, что во второй половине 1780-х гг. Сальери дирижировал несколькими произведениями Моцарта, а после своего назначения капельмейстером придворной оперы в 1788 г. прежде всего вернул в репертуар оперу Моцарта «Свадьба Фигаро». Существовало даже музыкальное сочинение, написанное Моцартом и Сальери совместно: кантата для голоса и фортепьяно «На выздоровление Офелии» (итал. Per la ricuperata salute di Ophelia, 1785) по случаю возвращения на сцену певицы Анны Стораче. В целом нет оснований полагать, что между Моцартом и Сальери существовала какая-либо особая вражда.
Происхождение легенды о Моцарте и Сальери имеет, по-видимому, национально-политический подтекст: на рубеже XVIII—XIX вв. музыкальным критикам и первым биографам Моцарта было важно подчеркнуть верность музыки Моцарта своей, австро-немецкой традиции, противопоставив её итальянскому влиянию. Олицетворять итальянский уклон в венской музыке был избран Сальери как наиболее авторитетный композитор итальянского происхождения — что вряд ли можно считать правомерным: Сальери жил в Вене с 16-летнего возраста и в музыкальном отношении был гораздо ближе к немцам, чем к итальянцам.
Выдающийся итальянский психиатр Чезаре Ломброзо в своей книге «Гениальность и помешательство» писал, что Моцарт страдал манией преследования, считая, что итальянские композиторы завидуют ему и желают его убить.
В Милане в 1997 года состоялся судебный процесс, где решено было наконец покончить с неясностью. «В майские дни 1997 года в Милане, в главном зале Дворца юстиции проходил необычный судебный процесс: рассматривалось преступление двухвековой давности. (…) Слушалось дело Сальери об отравлении им великого Моцарта. … Через двести лет Антонио Сальери оправдан»[2].