«Остался я сиротою, — так рассказывал сам св. Иона, в миру Иоанн, — пос­ле отца семи лет, а после матери — трех лет. Бог положил на сердце вдо­­ви­це Наталии Медоварцевой: взяла она меня в свой дом, кормила и оде­вала, и от­дала меня дьяку учить­ся грамоте. В училище было множество уча­щих­ся; я от бедности был тихий. В один день дети играли после вечерни. Идет по ули­це блаженный муж; де­ти, кинувшись на него, бросали в него камешки и в гла­за сор; а я стоял, не трогаясь с места. Блаженный, оставив детей, при­бежал ко мне, взял меня, поднял выше себя и, вовсе не зная меня, называл меня по имени. “Ванюша! — говорил, — учись грамоте, быть тебе в Новгороде архиепископом”». Потом об­нял Ваню и убежал. Это был блаженный Ми­хаил Клопский. В зрелых летах Иоанн удалился в Отнюю пустынь, за 50 верст от Новгорода, где и постригся. По смерти основателя обители Харитона, Иона, как благочестивый строгий подвижник, был избран братией в игумена. Нов­го­родцы, увидев бескорыст­ное усердие нового настоятеля к своей обители, по­лю­били игумена и обитель и стали щедро благотворить ей. И при нем Отняя пустынь становилась очень достаточной. В 1452 году в Отней пустыни был по­строен великолепный каменный храм трех святителей. Искусные живо­писцы, лучшие того времени, написали иконы для иконостаса, расписали стены храма.

В 1458 году, по смерти владыки Евфимия (11 марта 1458 г.), новгородцы едино­душно избрали его на архиепископскую кафедру. Св. Иона явился пастырем добрым. Он учил новгородцев и словом, и делом. Ко всем благорасположенный, святитель особенно, помня свое сиротство, заботился о бедных и сиротах, успокаивал беспомощных вдов, избавлял обижаемых от насилия. Святитель Иона поль­зовался большим уважением в Москве и не раз удерживал мятежный Новгород от союза с Литвой. При его святительстве и Псков, сильно желавший иметь у себя особого епископа, подчинился воле Новгородского владыки, который не раз посещал этот город.

Перед кончиной своей (март 1461 г.) великий Московский святитель Иона желал видеть в Москве блаженного архиепископа для совета о своем преемнике и с мыслью о назначении его на эту кафедру. Смиренный архиепископ отвечал: «Я уже стар, ноги у меня слабы, не могу исполнить желания твоего, святой отец; увидимся в той жизни». Он послал только обыкновенное согласие свое на избра­ние того, кто признан будет за достойного Собором. Новый митрополит Феодосий прислал Новгородскому архиепископу подтверждение охранять паству от сно­шений с униатом Григорием. Не оставляя забот о своей пастве, святитель Иона обратил заботливую любовь свою на Отнюю пустынь. В 1462 году построил он в ней каменный храм в честь св. Предтечи и в том же храме — придел в честь св. Онуфрия. В следующем году построили там же теплый каменный храм свт. Николая с братской трапезой. Отняя пустынь усердием святителя сде­лалась богатым мона­стырем. Архиепископ Иона по обету, данному им в одну из поездок в Москву, построил в Новгороде первый на севере Руси храм в честь преподобного Сергия Радонежского (1463 г.). Заботясь о возрождении преданий новгородской церков­ной старины, он вызвал в Новгород известного составителя житий святых иеро­монаха Пахомия Логофета, который на основа­нии местных источников написал службы и жития наиболее известных новго­родских святых и канон святителю Ионе, митрополиту Московскому, по его прославлении. К тому времени относит­ся начало основания Соловецкого монастыря. Святитель Иона оказал большую помощь и содействие устройству обители. Преподобному Зосиме он выдал осо­бую благословенную грамоту, по которой отдавал (вместе с мирскими властями Новгорода) во владение но­вой обители весь Соловецкий остров. После многих трудов святитель, чувствуя приближение своей кончины, написал духовную, завещая похоронить тело его в Отненской обители. 5 ноября 1470 года, прича­стившись Святых Таин, святитель отошел ко Господу. До наших дней дошло послание святителя к митрополиту Феодосию, написанное в 1464 году. Житие святителя имеется также в Великих Минеях-Четьих митрополита Макария под 5 ноября. В 1453 году после открытия мощей архиепис