Скерцо. Allegro vivo. Это еще одно скерцо в симфоническом цикле. Оно увлекает слушателя в мир фантастики. Отдельные инструменты и их группы перекликаются, создавая мрачную, тревожащую воображение картину. Воздушная фактура, колоритные гармонии и оркестровка, очень быстрый темп – все это заставляет отнести эту часть к причудливым, фантастическим скерцо, которые иногда появляются в ряду более часто встречающихся народно-жанровых характеристических скерцо в симфонических и сюитных циклах Чайковского. Явное сходство скерцо Третьей симфонии с будущим скерцо программной симфонии «Манфред» («Фея Альп является в брызгах водопада») позволяет предположить, что образное содержание скерцо Третьей симфонии связана с миром «духов природы». Во всей это части есть единственный контраст – между крайними разделами и средним (трио). Внутри же больших построений господствует один характер. Трио (средний раздел скерцо)- таинственный марш, в котором слышится один и з мотивов траурного вступления симфонии. Не раз указывалось на сходство одной из тем скерцо с образом графини в опере Чайковского «Пиковая дама». В причудливо искаженном звучании он вызывает ассоциации с шествием злых сил.